Le Port d'Houplin-Ancoisne, voisin de celui de Santes mais situé sur l'autre rive de la Deûle, accueille de l'activité depuis 1990, redonnant vie à une friche industrielle jusqu'alors vouée à l'abandon.

Le Port de Loos-Sequedin va accueillir le CVO (Centre de Valorisation Organique) de la Métropole Lilloise, élément majeur dans la politique de valorisation des déchets verts. Actuellement en construction, cet outil sera opérationnel en 2007 et devrait générer un très important trafic fluvial.

Les quais de La Bassée et Marquette viennent compléter ce dispositif.

Depuis 2003, dans le cadre de la constitution d'un réseau de plates-formes portuaires travaillant en synergie les unes avec les autres, le Port de Lille assure la gestion de ports situés en dehors de la circonscription consulaire de Lille Métropole. Il est à noter que cette action est menée dans tous les cas aprés concertation et en partenariat avec les collectivités locales concernées.

C'est notamment le cas pour le Port de Harnes, dans le Pas-de-Calais, qui intervient dans le service de transport de verre usagé par barges fluviales.

La participation du Port de Lille dans la plate-forme Delta 3 de Dourges (via la GIE commun avec le Port de Dunkerque NCS Nord Container Service) procède de la même logique.

La gestion du Port de Marquion, près de Cambrai, illustre l'intérét du Port de Lille pour un site stratégiquement situé sur le tracé de la future liaison Seine-Nord.

La gestion du Port d'Arques et d'une partie de la zone d'activités adjacente est appelée à constituer un exemple tout-à-fait exemplaire de ce type de partenariat.