Le Port de Lille a trés vite intégré cette réalité en s'impliquant dans de nombreuses structures collaboratives. C'est ainsi qu'il est membre de l'AFPI (Association Francaise des Ports Intérieurs) dont il détient la présidence, de la FEPI (Fédération Européenne des Ports Intérieurs), de l'Association Internationale Villes et Ports (A.I.V.P), de l'ASLOG, du Cercle du Conteneur et du Transport Intermodal, du Club Nord Export.

Le Port de Lille est associ' au Port Autonome de Dunkerque dans le cadre du GIE Nord Container Service (NCS), qui associe une partie fluviale reliant les ports de Lille, Prouvy et Dourges Delta à celui de Dunkerque et une phase de feedering maritime entre Dunkerque, Le Havre, Felixstowe et Rotterdam. La création de ce GIE vise à renforcer la position du Port de Dunkerque dans le Range Nord-Ouest Européen en l'aidant à mieux drainer les flux conteneurisés de son Hinterland, notamment ceux de la Métropole Lilloise.

Afin de préparer au mieux l'avénement de la liaison Seine-Nord Europe, et de tirer parti des opportunités qu'ouvrira cette liaison fluviale au gabarit de 4.400 tonnes entre le Bassin du Nord de la France et celui de la Seine, le Port de Lille et le Port Autonome de Paris ont créé en 2004 une structure commune. Ce GIE, baptisé "Ports du Nord de la France", vise à capitaliser sur l'expérience et le savoir-faire acquis par les deux Etablissements en matière de multimodalité.